20世纪90年代中后期，学校将体育学科纳入了学科建设规划，1996年成立“清华大学体育与健康科学研究中心”。“九五”期间，申请到国家体育总局的“体育社会科学重点研究基地”和清华大学的“运动人体科学重点实验室”，建立了比较完备的体育科研平台，学校“985”投入500万用于体育学科建设。

1998年申请到“体育教育训练学”硕士学位点，2003年又申请到“运动人体科学”和“体育人文社会学”2个硕士学位点和“体育教育训练学”博士学位点，成为国内第一个申请到体育博士点的普通高校。2009年申请到“体育学”博士后流动站，2010年申请到一级学科。除本学位点外，还与生物医学工程研究所、人文学院等联合招收并培养硕士和博士研究生。在2004年教育部学科评估中，排在北京体育大学、上海体育学院、武汉体育学院之后列全国第四位。

体育科学研究发挥清华大学多学科综合优势，提出“入主流、有特色、高起点、开放性”和“有所为有所不为”的指导方针。